①二者的机构性质不同，认证工作由第三方机构进行，因此认证机构必须是独立的，也可以是非独立机构。
    ②二者的需求量不同，由于我国企业数量众多，对咨询机构的需求大于认证机构。
    ③二者的工作内容、履行的职责不同，认证机构的职责是依据ISO14001环境管理体系标准，按照审核程序对申请组织进行认证，通过颁发认证证书来证明提出认证申请的组织符合相应标准的要求。咨询机构的职责是根据申请组织的要求，按照相应标准帮助组织建立环境管理体系，提供相关咨询、培训服务。为保证认证工作的公平性，认证机构不能承担咨询工作。