因微生物及其毒素、病毒、寄生虫及其虫卵等对食品的污染造成的食品质量安全问题为食品的生物性污染。这里所说的微生物及其毒素，主要是细菌及细菌毒素、霉菌及霉菌毒素等。
    细菌对食品的污染通过以下几种途径：一是对食品原料的污染：食品原料品种多、来源广，细菌污染的程度因不同的品种和来源而异；二是对食品加工过程中的污染；三是在食品贮存、运输、销售中对食品造成的污染。食品的细菌污染指标主要有菌落总数、大肠菌群、致病菌等几种。常见的易污染食品的细菌有假单胞菌、微球菌和葡萄球菌、芽胞杆菌与芽胞梭菌、肠杆菌、弧菌和黄杆菌、嗜盐杆菌、乳杆菌等。
霉菌及其产生的毒素对食品的污染多见于南方多雨地区，目前以知的霉菌毒素约有200余种，不同的霉菌其产毒能力不同，毒素的毒性也不同。与食品的关系较为密切的霉菌毒素有黄曲霉毒素、赭曲毒素、杂色曲毒素、岛青霉素、黄天精、桔青霉素、层青霉素、单端孢霉素类、丁烯酸内酯等。霉菌和霉菌毒素污染食品后，引起的危害主要有两个方面；即霉菌引起的食品变质和霉菌产生的毒素引起人类的中毒。霉菌污染食品可使食品的食用价值降低，甚至完全不能食用，造成巨大的经济损失。据统计全世界每年平均有2%的谷物由于霉变不能食用。霉菌毒素引起的中毒大多通过被霉菌污染的粮食、油料作物以及发酵食品等引起，而且霉菌中毒往往表现为明显的地方性和季节性。
    影响霉菌生长繁殖及产毒的因素是很多的，与食品关系密切的有水份、温度、基质、通风等条件，为此，控制这些条件，可以减少霉菌和毒素对食品造成的危害。